O programa apresenta um ordem de prioridade, definida em sua Lei, na qual as vagas solicitadas pelos municípios e autorizadas pelo Ministério da Saúde devem ser, primeiramente, oferecidas aos médicos com registro no país, ou seja, na maioria médicos brasileiros formados no Brasil, mas também estrangeiros formados no Brasil e brasileiros ou estrangeiros formados fora do Brasil que revalidaram seus diplomas. Se restarem vagas depois da escolha desse primeiro grupo, elas serão oferecidas a um segundo grupo, composto.